如果夫妻双方分居两年，一方起诉离婚，而另一方不同意，法院通常会根据具体情况进行判断，以下是一些可能的处理方式：

1、调解：法院可能会尝试进行调解，促使双方达成和解，调解是一种自愿的程序，双方可以通过协商解决离婚问题，包括财产分割、子女抚养等。

2、判决：如果调解不成，法院将根据法律和证据作出判决，判决的结果可能是判决离婚，或者判决不离婚，判决离婚的依据通常包括夫妻感情确已破裂、无法继续共同生活等。

3、上诉：如果一方对判决结果不满意，可以在规定的期限内向上一级法院提起上诉，上诉程序将由上一级法院重新审查案件，并作出新的判决。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》

第一千零七十九条 夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。