可以的，小孩办理港澳通行证可以异地办理，不过需要满足一定的条件。未满十六周岁的申请人如未办理居民身份证，需交验本人户口簿、出生证明以及监护人的居民身份证，监护人无法陪同而委托他人陪同的，还须提交监护人委托书以及陪同人的居民身份证。

建议参考：

1、办理材料：申请人居民身份证及复印件（用 A4 纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2 寸淡底色彩照 2 张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注，只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。

2、办理时限：自受理之日起 10 个工作日（首次或非首次申请），但均不含邮递日（一般在五天左右）以及节假日。

3、办理费用：往来港澳通行证每证 80 元；一次有效签注每件 15 元；二次有效签注每件 30 元。

相关法条：

《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》

第三条 内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证，从指定的口岸通行；返回内地也可以从其他对外开放的口岸通行，指定的口岸：往香港是深圳，往澳门是拱北。

第六条 内地公民因私事前往香港、澳门，须向户口所在地的市、县公安局出入境管理部门提出申请。