港澳通行证签注在深圳办理的时间取决于多种因素，包括办理地点、申请类型、申请人数等，通常情况下，办理港澳通行证签注的时间如下：

1、现场办理：如果您选择在深圳的出入境管理机构现场办理港澳通行证签注，办理时间通常为 5-10 个工作日，但具体时间可能会因节假日、特殊情况等而有所延长。

2、网上办理：如果您选择在网上办理港澳通行证签注，办理时间通常为 7-10 个工作日，但具体时间可能会因系统维护、申请量等而有所延长。

需要注意的是，以上时间仅供参考，实际办理时间可能会有所不同，如果您需要办理港澳通行证签注，建议您提前了解相关办理流程和要求，并在规定的时间内前往办理地点办理。

建议参考：

1、提前预约：如果您需要办理港澳通行证签注，建议您提前在网上预约办理时间，以免耽误您的行程。

2、准备好相关材料：在办理港澳通行证签注时，需要准备好相关材料，如身份证、户口本、港澳通行证等，请确保您的材料齐全，以免影响办理进度。

3、注意办理时间：不同的办理地点和申请类型的办理时间可能会有所不同，请您在办理前仔细阅读相关规定，并按照规定的时间前往办理地点办理。

4、关注办理进度：在办理港澳通行证签注后，您可以通过网上查询或电话咨询等方式关注办理进度，以便及时了解办理情况。

相关法条：

《中华人民共和国出境入境管理法》第十条规定：中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定，具体管理办法由国务院规定。

《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第二十二条规定：前往港澳通行证在有效期内一次使用有效，往来港澳通行证有效期五年，可以延期二次，每次不超过五年，申请延期应在通行证有效期满前办理，在香港的延期申请可到香港中国旅行社办理并按规定缴纳费用，在澳门的延期申请可到澳门中国旅行社办理。

法条仅供参考，具体内容请以相关法律法规为准。