港澳通行证签注三个月一次和一年一次的区别主要体现在以下几个方面：

1、有效期：三个月一次的签注有效期为三个月，即在三个月内可以往返港澳一次；一年一次的签注有效期为一年，即在一年内可以往返港澳一次。

2、次数限制：三个月一次的签注在有效期内可以使用一次，用完后需要再次申请签注；一年一次的签注在有效期内可以使用一次，用完后也需要再次申请签注。

3、申请条件：申请三个月一次的签注和一年一次的签注的条件基本相同，需要满足以下条件之一：

- 拥有有效的港澳通行证；

- 已在港澳地区工作、学习、生活；

- 已在港澳地区定居；

- 已在港澳地区投资；

- 已在港澳地区就读；

- 已在港澳地区从事商务活动；

- 已在港澳地区参加学术交流活动；

- 已在港澳地区参加技能培训活动；

- 已在港澳地区参加体育比赛活动；

- 已在港澳地区参加文化艺术活动；

- 已在港澳地区参加宗教活动；

- 已在港澳地区参加其他活动。

建议参考：

1、根据自己的实际需求选择签注类型，如果您只是偶尔去港澳地区，可以选择三个月一次的签注；如果您经常去港澳地区，可以选择一年一次的签注。

2、在申请签注时，需要提供相关的证明材料，如工作证明、学习证明、生活证明等，如果您无法提供相关的证明材料，可以向当地公安机关咨询。

3、在使用签注时，需要注意签注的有效期和次数限制，避免逾期使用或超过次数限制。

相关法条：

《中华人民共和国出境入境管理法》第十条规定：中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定，具体管理办法由国务院规定。

《往来港澳通行证和签注管理办法》第十二条规定：往来港澳通行证有效期5年。