港澳通行证网上签注流程如下：

1、登录深圳市公安局出入境便民网。

2、选择“个人业务”，点击“出入境业务预约申请”。

3、阅读并同意预约申请协议，填写个人信息，选择预约时间和地点。

4、确认预约信息无误后，提交申请。

5、预约成功后，按照预约时间前往指定地点办理签注手续。

6、办理签注手续时，需携带本人身份证、港澳通行证、照片等材料。

7、缴纳签注费用。

8、等待签注办理完成。

建议参考：

1、在预约前，仔细阅读预约申请协议和办理须知，确保填写的信息准确无误。

2、按照预约时间前往指定地点办理签注手续，如需变更预约时间，应提前取消预约。

3、办理签注手续时，需携带本人身份证、港澳通行证、照片等材料，如材料不齐全或不符合要求，可能会影响签注办理。

4、缴纳签注费用时，应注意缴费方式和金额，避免因缴费问题导致签注办理失败。

相关法条： 《中华人民共和国出境入境管理法》第十条规定：中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定，具体管理办法由国务院规定。