问题解答：

股权转让协议原件丢失的处理是：当事人可以联系对方进行复印，加盖与原件一致的印章或签字注明。双方协商一致重新签订股权转让协议的，之前的股权转让协议原件作废，不发生效力。

依据：

《中华人民共和国》第五百零二条

依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。

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