公司为员工缴纳社保，应通过“应付职工薪酬”科目核算，具体会计分录如下：

1、计提社保费时：

借：生产成本（生产工人）

制造费用（车间管理人员）

管理费用（管理人员）

销售费用（销售人员）

贷：应付职工薪酬——社会保险费（单位部分）

2、从员工工资中代扣个人应负担的社保费时：

借：应付职工薪酬——工资（应发数）

贷：其他应付款——社会保险费（个人部分）

库存现金（实发数）

3、缴纳社保费时：

借：应付职工薪酬——社会保险费（单位部分）

其他应付款——社会保险费（个人部分）

贷：银行存款

建议参考：

1、企业应当在职工为其提供服务的会计期间，将实际发生的职工薪酬确认为负债，除因解除与职工的劳动关系给予的补偿外，应当根据职工提供服务的受益对象，分别下列情况处理：

- 应由生产产品、提供劳务负担的职工薪酬，计入产品成本或劳务成本。

- 应由在建工程、无形资产负担的职工薪酬，计入建造固定资产或无形资产成本。

- 上述（1）和（2）之外的其他职工薪酬，计入当期损益。

2、企业为职工缴纳的医疗保险费、养老保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金，应当在职工为其提供服务的会计期间，根据工资总额的一定比例计算，并按照上述规定处理。

相关法条：

《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十五条规定：企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，准予扣除。

企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。