甲状腺住院农村合作医疗是否可以报销，取决于当地的医保政策，甲状腺疾病属于医保报销范围，但具体的报销比例和限制可能因地区而异。

在一些地区，农村合作医疗可以对甲状腺手术、药物治疗等费用进行报销，但需要注意的是，可能存在以下限制：

1、起付线：在一定范围内的费用需要自费，超出部分才能按比例报销。

2、报销比例：不同的治疗项目和药品可能有不同的报销比例。

3、最高报销额度：农村合作医疗对每年的报销金额有上限。

建议参考：

1、了解当地农村合作医疗政策：可以咨询当地的农村合作医疗管理部门或医保经办机构，了解具体的报销规定和流程。

2、准备好相关材料：在住院前，准备好身份证、农村合作医疗证等相关证件，以及住院费用清单、发票等报销所需的材料。

3、注意报销时间和流程：按照当地规定的时间和流程进行报销申请，确保及时获得报销款项。

相关法条：

《中华人民共和国社会保险法》第二十四条规定：国家建立和完善新型农村合作医疗制度，新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。

需要注意的是，医保政策可能会发生变化，建议及时关注当地相关部门的通知和公告，在就医时尽量选择医保定点医疗机构，以确保能够获得更好的报销待遇。