申请人可以通过互联网申请港澳通行证，具体流程如下：

1、打开所在地的公安机关出入境管理部门官方网站，找到“网上申请”或“在线申请”入口。

2、注册并登录账号，填写个人信息和申请表格。

3、上传所需的申请材料，如身份证、照片等。

4、缴纳申请费用，可以通过网上支付或银行转账等方式完成。

5、等待公安机关审核，一般需要几个工作日至几周的时间。

6、审核通过后，可以在指定地点领取港澳通行证或选择邮寄到家。

需要注意的是，不同地区的网上申请流程可能会有所不同，具体操作步骤请以当地公安机关出入境管理部门的官方网站为准。

建议参考：

1、在申请前，仔细阅读申请指南和要求，确保准备好所有所需的申请材料。

2、填写申请表格时，务必如实填写个人信息，如有虚假信息可能会导致申请被拒绝。

3、上传的照片应符合规定要求，如尺寸、背景等。

4、缴纳申请费用时，注意选择安全可靠的支付方式，并保留好缴费凭证。

5、关注申请进度，可以通过官方网站或短信等方式查询。

6、如有疑问或需要帮助，可以咨询当地公安机关出入境管理部门的工作人员。

相关法条：

《中华人民共和国公民出境入境管理法》

第九条 中国公民出境入境，应当依法申请办理护照或者其他旅行证件。

第十条 中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定，具体管理办法由国务院规定。