起诉离婚时，法院是否会冻结对方的余额宝，取决于具体情况，法院会根据申请人的申请和相关法律规定，对被申请人的财产进行保全，如果申请人认为对方的余额宝属于夫妻共同财产，或者对方有转移、隐匿财产的嫌疑，那么申请人可以向法院申请财产保全，包括冻结对方的余额宝，法院是否会批准申请，以及如何冻结余额宝，需要根据具体情况进行判断。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第一千零九十二条规定：夫妻一方隐藏、转移、变卖、毁损、挥霍夫妻共同财产，或者伪造夫妻共同债务企图侵占另一方财产的，在离婚分割夫妻共同财产时，对该方可以少分或者不分，离婚后，另一方发现有上述行为的，可以向人民法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零四条规定：财产保全采取查封、扣押、冻结或者法律规定的其他方法，人民法院保全财产后，应当立即通知被保全财产的人。