起诉离婚时，法院一般只能查对方在最近两年的银行流水账单。这是因为根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，人民法院有权向有关单位和个人调查取证，但是必须按照法定程序进行，在离婚诉讼中，法院需要查明夫妻双方的财产状况，以确定财产分割的原则和方法，银行流水账单是反映夫妻双方财产状况的重要证据之一，但是法院不能无限制地查询对方的银行流水账单，否则会侵犯对方的隐私权，法院一般只能在最近两年内查询对方的银行流水账单。

相关法条：《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条 当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。

当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。

人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。