日本过境签证的办理手续流程如下：

1、填写申请表：填写日本过境签证申请表，确保填写信息准确无误。

2、准备材料：准备好所需的材料，包括护照、签证申请表、照片、行程安排、机票预订证明、酒店预订证明等。

3、提交申请：将申请表和材料提交至日本驻华使领馆或签证中心。

4、缴纳费用：缴纳签证申请费用。

5、等待审核：等待日本驻华使领馆或签证中心审核申请。

6、领取签证：审核通过后，前往日本驻华使领馆或签证中心领取签证。

建议参考：

1、提前规划：提前了解日本过境签证的办理流程和要求，确保申请材料齐全。

2、注意申请时间：根据行程安排，提前申请日本过境签证，以免耽误行程。

3、保持联系：在申请过程中，保持与日本驻华使领馆或签证中心的联系，及时了解申请进度。

4、遵守规定：在日本过境期间，遵守当地法律法规和规定，不得从事非法活动。

相关法条： 《中华人民共和国出境入境管理法》第九条：中国公民出境入境，应当依法申请办理护照或者其他旅行证件。

仅供参考，具体办理流程和要求请以日本驻华使领馆或签证中心的规定为准。