深圳港澳通行证过期了可以申请换发，具体办理流程如下：

1、准备材料：身份证（或临时身份证）、户口簿、照片及照片回执、旧的港澳通行证。

2、网上预约：登录深圳市公安局出入境便民网或微信公众号进行预约。

3、前往办理：按照预约时间前往深圳市公安局出入境管理局或各分局出入境办证大厅办理换证手续。

4、缴费：缴纳换证费用。

5、领取新证：一般情况下，可选择自取或邮寄新证。

建议参考：

1、提前预约：由于办理换证的人数较多，建议提前预约，以免耽误时间。

2、注意材料准备：确保所提供的材料齐全、真实有效。

3、按照规定时间领取新证：如需自取，注意领证时间；如需邮寄，注意查收新证。

相关法条：

《中华人民共和国出境入境管理法》第十条 中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定，具体管理办法由国务院规定。