重庆灵活就业医保住院是报销限额的。这是因为医保基金是有限的，为了保障大多数参保人的基本医疗需求，医保政策通常会对报销额度进行一定的限制。

建议参考：如果你是重庆的灵活就业人员，参加了医保，在住院治疗时需要注意报销限额的问题。建议在住院前了解清楚医保的报销政策和规定，包括报销比例、起付线、封顶线等，以便合理安排医疗费用。

相关法条：《中华人民共和国社会保险法》第二十八条规定，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。