在住院期间补缴了新农合，是否可以报销，需要根据具体情况来确定，如果在住院期间及时补缴了新农合，并且符合当地新农合的报销规定，那么是可以报销部分医疗费用的。

需要注意的是，不同地区的新农合报销规定可能会有所不同，有些地区可能会规定在住院期间补缴新农合是不可以报销的，建议在住院前了解当地的新农合报销规定，并在住院期间及时办理新农合的缴费手续。

建议参考：

1、在住院前，了解当地的新农合报销规定，包括报销范围、报销比例、报销限额等。

2、在住院期间，及时办理新农合的缴费手续，以确保能够享受新农合的报销待遇。

3、如果在住院期间补缴了新农合，建议及时向医院的新农合管理部门咨询，了解具体的报销流程和要求。

4、如果对新农合的报销规定有疑问，可以向当地的新农合管理部门或相关部门咨询，以获得准确的解答。

相关法条：

《中华人民共和国社会保险法》第二十四条规定：国家建立和完善新型农村合作医疗制度，新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。