一般情况下，住院医保报销不会直接从医保卡里扣除，医保报销的流程是，患者在住院期间发生的医疗费用，先由个人垫付，然后在出院时，将相关的医疗费用清单、发票等材料提交给医保经办机构进行审核，审核通过后，医保经办机构会将报销的费用直接打入患者的银行账户中。

有些地区的医保政策可能会有所不同，在一些地区，医保经办机构会将报销的费用直接打入患者的医保卡里，让患者在下次就医时使用，具体的报销方式，需要根据当地的医保政策来确定。

建议参考：

1、在住院前，了解当地的医保政策，包括报销范围、报销比例、报销方式等，以便做好相应的准备。

2、在住院期间，注意保存好所有的医疗费用清单、发票等材料，以便在出院时进行报销。

3、在出院时，及时将相关的材料提交给医保经办机构进行审核，以免影响报销。

4、如果对医保报销有疑问，可以咨询当地的医保经办机构或相关部门，了解具体的报销流程和政策。

相关法条：

《中华人民共和国社会保险法》第二十八条规定：符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。