调查案件的警官黄伟（梁家辉饰）接到了一项棘手的借调任务，他需要深入调查一宗涉及警员犯罪的案件。黄伟深入火烧岛典狱长治下的监狱，为搜集证据，他必须冒险进入这个充满暴力和不公的世界。

黄伟进入监狱的第一天，他面对着残酷的现实，暴力和压迫随处可见。他迅速结识了室友小朱（庹宗华饰）和因思念儿子而多次越狱的刘世杰（洪金宝饰）。这两位囚犯成为了黄伟在监狱中的重要支持和合作对象。

黄伟发现，这个监狱深深地沉浸在暴力和不公的氛围之中。狱中的帮派分裂，囚犯们为了生存和地位而争斗不休。他们被剥夺了自由，而监狱里的守卫们往往滥用权力，对待囚犯残忍无情。

黄伟亲眼目睹了帮派人物大林（高捷饰）的入狱洗礼，他深刻感受到了这个黑暗监狱的残酷和无情。他决心要揭露监狱中的黑暗，还囚犯们一个公正的环境。

黄伟在监狱中与台球选手大锤（成龙饰）结识，并逐渐建立了信任关系。大锤因误杀帮派大哥钢珠之弟入狱，而黄伟得知这个秘密，开始与他合作。两人与小朱和刘世杰一起被典狱长吸收进入“清风队”，这是一个由典狱长亲自组建的执行特殊任务的队伍。

在“清风队”中，黄伟和他的伙伴们面临着各种危险和阻碍。他们必须在执行暗杀任务的过程中保护自己，同时还要揭开监狱中隐藏的真相。

在执行任务的过程中，黄伟逐渐发现了自己追查案件的幕后真凶。通过艰苦的努力和勇敢的追查，他成功揭开了案件的真相，解决了涉及警员犯罪的阴谋。

最终，黄伟还给了受害者们一个公正的结局，让他们的真相得以昭示。他们在黑暗的监狱中团结一致，与邪恶势力斗争，最终取得了胜利。

在《火烧岛》中，警察黄伟通过入狱调查，揭开了涉及警员犯罪的阴谋。这是一部展现黑暗监狱中真相的故事，同时也强调了正义与勇气的力量。通过黄伟与囚犯们的合作和斗争，观众们被引导思考正义与真相的重要性。