1.皮卡丘，小智从神奇宝贝学家大木博士手中领取的神奇宝贝，皮卡丘不喜欢呆在神奇宝贝球里。最开始皮卡丘不认同小智，特别固执。经过和烈雀的战斗中，小智保护皮卡丘，让皮卡丘感动了，皮卡丘击退了烈雀，但皮卡丘却受了重伤。经过这次的经历小智终和皮卡丘建立起珍贵的友谊。

2.绿毛虫，绿毛虫很喜欢小霞，但是小霞很害怕他，绿毛虫希望自己可以变得很美丽。火箭队为了夺取皮卡丘的行动，绿毛虫击败了火箭队进化成铁甲蛹。大针蜂的群体攻击使得小智们落荒而逃，而铁甲蛹也被大针蜂给夺走了，小智为了夺回铁甲蛹与大针蜂再次正面冲突，此时的铁甲蛹又进化了；借着巴大蝴的秘技─睡眠粉，取得了胜利。

3.妙蛙种子，迷路的小智等人掉落河里，获救后一路又是陷阱又是坑洞，最后到地图上没记载的神奇宝贝村。许多受伤被抛弃的神奇宝贝就在这里疗伤。好心收留它们的女孩名叫小翠。小智为她打败图谋不轨的火箭队，最后小翠叫妙蛙种子跟随小智离开，磨练自己。

4.小火龙，小智三人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁,小智收服失败后来到神奇宝贝中心，在那里遇见佑大。他就是抛弃小火龙的饲主。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。

5.杰尼龟，小智一行人落入了一群淘气的杰尼龟挖的陷坑，杰尼龟们因为君莎警官的到来而逃走。在喵喵的帮助下，杰尼龟军团抓住了小智一行人。小智为了救受伤的皮卡丘，成功说服了杰尼龟，前往城镇去买厉害伤药。杰尼龟军团灭了火，君莎发现了它们灭火的才能，于是让它们改变生活方式组织一支专门灭火的杰尼龟军团。在小智一行人快要离开的时候，想要跟小智走，小智同意了并收服了它。