如果公积金贷款逾期三天，借款人可以采取以下主动还款方式：

1、通过银行柜台还款：借款人可以前往公积金贷款银行的柜台，将逾期款项直接存入还款账户中。

2、使用网上银行或手机银行还款：许多银行提供网上银行和手机银行服务，借款人可以登录相应的平台，按照提示进行还款操作。

3、通过第三方支付平台还款：一些第三方支付平台也支持公积金贷款的还款，借款人可以将逾期款项通过这些平台转账至还款账户。

建议参考：

1、在还款日前，借款人可以提前安排好资金，确保还款账户中有足够的余额，以避免逾期产生。

2、如遇特殊情况导致无法按时还款，借款人应及时与公积金贷款银行联系，说明情况并申请延期还款或其他解决方案。

3、借款人可以设置还款提醒，以免忘记还款日期。

相关法条：

《住房公积金管理条例》第二十六条规定：缴存住房公积金的职工，在购买、建造、翻建、大修自住住房时，可以向住房公积金管理中心申请住房公积金贷款，住房公积金管理中心应当自受理申请之日起 15 日内作出准予贷款或者不准贷款的决定，并通知申请人；准予贷款的，由受委托银行办理贷款手续，住房公积金贷款的风险，由住房公积金管理中心承担。

仅供参考，具体操作建议以公积金贷款银行的规定和要求为准，借款人应按时履行还款义务，以免对个人信用记录产生不良影响。