男方在监狱，女方起诉离婚，孩子的抚养权归属需要根据具体情况来确定，法院会考虑以下因素：

1、孩子的年龄和意愿：如果孩子已经年满十周岁，法院会尊重孩子的意愿，考虑孩子的意见。

2、双方的经济状况和生活环境：法院会考虑双方的经济收入、住房条件、工作稳定性等因素，以确定谁更有利于孩子的成长和发展。

3、双方的抚养能力和意愿：法院会评估双方的抚养能力和意愿，包括是否有稳定的收入、是否有时间和精力照顾孩子等。

4、孩子的性别和健康状况：孩子的性别和健康状况也可能会影响抚养权的归属。

相关法条：

《民法典》第一千零八十四条：**父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除，离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则，已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决，子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

需要注意的是，以上内容仅供参考，具体情况可能因地区、案件具体情况等因素而有所不同，在实际操作中，建议咨询专业的律师，以获取更准确的法律建议。