南京港澳通行证可以通过以下几种方式进行预约：

1、网上预约：访问南京市公安局出入境管理局官方网站，按照提示进行预约。

2、微信预约：关注“南京公安出入境”微信公众号，在公众号菜单中选择“预约办证”进行预约。

3、电话预约：拨打南京市公安局出入境管理局服务热线 025-84420141 进行预约。

建议参考：

1、提前了解预约流程和所需材料，以免耽误时间。

2、预约成功后，请按照预约时间前往办理，携带好相关材料。

3、如有特殊情况无法按时前往，需提前取消预约，否则可能会影响下次预约。

相关法条：《中华人民共和国出境入境管理法》第十条规定：中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定，具体管理办法由国务院规定。