在上海网上办理港澳通行证的流程如下：

1、登录上海市出入境管理局政务服务网站。

2、选择“网上办事”栏目，点击“出入境业务”。

3、点击“港澳通行证”，选择“个人旅游”或“团队旅游”。

4、填写个人信息，包括姓名、身份证号码、联系电话等。

5、上传照片，照片需符合规定。

6、选择预约时间和地点。

7、缴纳费用。

8、等待审核，审核通过后会收到短信通知。

9、按照短信通知的时间和地点，前往出入境管理局领取港澳通行证。

建议参考：

1、在办理前，仔细阅读上海市出入境管理局政务服务网站上的相关规定和要求。

2、照片需符合规定，建议提前准备好。

3、缴纳费用时，需注意支付方式和金额。

4、按照短信通知的时间和地点，前往出入境管理局领取港澳通行证，如需代领，需提供代领人身份证和委托书。

相关法条：《中华人民共和国出境入境管理法》第十条规定：中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定，具体管理办法由国务院规定。